后来刘穆之病逝，刘裕东归，命二子刘义真任安西将军，镇守长安城。

当时辅佐刘义真的是长史王修、司马王镇恶、中兵参军沈田子、毛德祖、傅弘之。

而毛修之作为太尉刘裕的后手，任冠军将军、洛阳太守，扼守着接应刘义真后路的枢纽大城。

王镇恶被沈田子斩杀、王修又诛杀沈田子后，刘义真按父亲密囊指示，让毛修之赶到长安城接替王镇恶之位，担任安西将军府司马，成为安西将军府最高军事指挥官。

后来，刘义真被迫撤出长安城前，暗示部下在城内抢掠。

撤退时，由于装财物、女人的车马太多，逃跑速度太慢，被胡夏军追上，全军覆没。

那一战，毛德祖、傅弘之战死，毛修之被俘。

只有近侍校尉段宏以一骑带着刘义真逃脱。

毛修之有一手绝活，那就是厨艺。

凭着这手艺，他被匈奴人俘虏后，受到胡夏皇帝赫连昌的喜欢、照顾。

魏军攻破胡夏国统万城时，毛修之也在俘虏队伍中。

他的厨艺再次发挥作用，受到魏国皇帝拓跋焘欣赏。

拓跋焘任命他为太官尚书，封南郡公，加冠军将军，留在太官主掌御膳进呈。

前年，魏国皇帝拓跋焘讨伐东北方的北燕国。

毛修之、朱修之、邢怀明、徐卓等都随军出征。

在攻打北燕都城黄龙城（后世朝阳市）时，冠军将军毛修之领军攻破三堡要塞，杀敌众多。

他后来因此功迁升抚军大将军、金紫光禄大夫，地位仅次于崔浩，成为汉人在北魏高官第二人。

当时，朱修之找到毛修之，提出趁机率汉族亲信反叛、借道北燕回南朝宋国。

毛修之没有答应朱修之，但也没有抓捕他。

朱修之得不到毛修之支持，只得与邢怀明、徐卓三人跑向北燕军，打算向对方投诚。

徐卓被箭矢射中身亡。朱修之、邢怀明跑到北燕军中。

北燕皇帝冯弘并不待见朱修之二人。二人在北燕并不好过。

后来，宋国皇帝刘义隆派遣使者面见冯弘，商谈两国联合对付魏国。

宋国使者见到朱修之，认出了他，立即躬身下拜。

因为朱修之坚守滑台城、杀敌无数，只不过因粮尽而降的事情，在宋国朝野得到尊重。皇帝刘义隆也没追究责任。

北燕皇帝冯弘见宋国使者对朱修之如此客气，这才以礼相待之，提高他的待遇。

不久，魏国拓跋焘率军几次攻打北燕。

冯弘便委任朱修之为北燕代表，出使宋国，向刘义隆求援。