江南沦陷，郑志龙随即在福建拥立唐王朱聿键为帝，史称隆武帝。朱聿键是朱元璋的第23子，朱棣的后人，与弟媳血缘非常疏远。因而在宗法上难以服众，因此与鲁王朱以海的冲突也不断发生。

郑成功心怀报国热情，发誓要恢复明朝河山，隆武帝对他非常赞赏。西吴一女配青青，当中无家勿相忘，也赐名为朱成功。朱是明朝国姓，百姓们因此尊称他为国姓爷。

郑志龙只想割据福建，而隆武帝志在北伐，这样的分歧也导致郑志龙对隆武帝心生不满。恰巧洪承畴派人对郑志龙许以高官厚禄，就让郑志龙归顺了清朝。

邓成功带兵出走不久之后，清军攻打郑成功的家乡南安。郑成功之母田川松自杀，郑成功大受刺激，更加坚定了抗清的决心。

1646年，隆武帝终于遇害，隆武朝臣拥立朱聿键逃亡。朱聿键登基是为绍武帝，而桂王朱由榔也在广东登基，他是明神宗之孙，史称永历帝。

南明又一次陷入了内讧之中，一个月后绍武帝遇害，永历帝成为南明宜臣宗室公认的皇帝。1649年，郑成功尊奉永历为正统，被永历朝廷封为延平王。

郑成功率军在福建与清军作战，整合了郑成功与鲁监国残部的力量，实力日渐壮大，清朝试图招抚郑成功。郑成功故意开出很高的价码拖延时间。

1655年，清军终于发现被郑成功耍弄，恼羞成怒，派3万大军攻打门厦，但却被郑成功打败。虽然郑成功一直在福建作战，但却一直没有忘记北伐的初心。

他在1653年、1654年派张明振、陈辉两入长江，遥祭孝陵而归。1658年，郑成功见清军主力集中于西南围攻李定国，于是率军前往浙东与张煌言会师准备北伐。

然而因遭遇飓风损失惨重。次年郑成功再次与张煌言会师北伐，一路上攻城拔寨，势如破竹。仅用三个月就打到了南京城下，但是却迟迟没有攻城，而是接收周边的州县。

十几天后清军援军到来，郑成功战败，无奈退军，之前占领的江南城池也相继放弃。

郑成功元气大伤，而且粮草供应也出现了问题，为了找一个更合适的抗清根据地，郑成功决心夺回被荷兰占领的湾台。

1661年，郑成功率军迎着狂风骤雨艰难渡海抵达台湾岛。当时台湾除了土着高山族外，还有郑芝龙从福建迁徙到台湾的汉人。他们饱受荷兰殖民者的压迫，见到郑成功前来十分高兴。

兰荷人以为中国人只要听到枪炮的声音就会仓皇逃走，结果却被郑成功打得狼狈不堪。荷兰试图与郑成功和谈，郑成功强硬拒绝。湾台是华夏的领土，在华夏人不需要时可以让兰荷暂时寄居，现在华夏人来了，兰荷就应该把它归还给华夏。

郑成功接着攻破了兰荷建造的普罗文查城堡，包围了荷兰的大本营热兰遮城堡，荷兰增兵致远与郑军展开激战。这场大战最终以荷兰的失败而告终，荷兰军心大乱，荷兰人见大势已去，只好与郑成功和谈。