初平元年（190年），关东诸侯组成联军讨伐董卓，董卓挟持刘协迁都长安。

在长安期间，刘协依然处于董卓的控制之下。

初平三年（192年），司徒王允与吕布等人设计杀死董卓。但随后董卓部将李傕、郭汜等又攻入长安，再次控制了刘协。

李傕、郭汜等人争权夺利，互相攻击，长安陷入混乱。

兴平元年（194年），关中地区发生饥荒，刘协命令侍御史侯汶出太仓米豆为饥民煮粥，然而百姓仍有饿死。

刘协怀疑侯汶克扣粮食，于是亲自检验，证实侯汶作弊，于是杖责侯汶，从而使饥民得到救济。

兴平二年（195年），李傕、郭汜相互攻杀，刘协在杨奉、董承等的护卫下，摆脱李、郭的控制，东归洛阳。但一路上历经艰险，缺衣少食。

建安元年（196年），曹操迎刘协至许都，“挟天子以令诸侯”。

刘协在许都名义上是皇帝，但实际上朝政大权完全掌握在曹操手中。

建安五年（200年），刘协不满曹操专权，暗下衣带诏，令董承等人设法诛杀曹操。但事情败露，董承等人被曹操诛杀。

建安十九年（214年），伏皇后要求其父伏完诛杀曹操的密谋败露，曹操逼刘协废黜伏皇后，并将其幽闭而死，同时杀死伏氏宗族百余人。

建安二十五年（220年），曹操去世，曹丕继承魏王之位。

随后，曹丕逼迫刘协禅让帝位，建立曹魏政权，封刘协为山阳公。

魏明帝青龙二年（234年），刘协去世，享年五十四岁，葬于禅陵。