那一天，6省同时遭到天王级宝可梦围攻，无奈之下，坐镇燕京的“焱”被迫将他的6只冠军级宝可梦分散开，协同6位天王级训练师分别前往各地救援。

在“焱”实力最薄弱的时候，华国势力最庞大的邪教组织“火箭队”，突然全员围攻燕京联盟中心。

面对城防设施莫名失灵、防守人员不足的困境，“焱”用身边仅剩的5只天王级宝可梦，硬生生拼死了“火箭队”拥有天王级实力的首领和2位核心干员。

经此一役，“火箭队”高端战力几乎被全部消灭，“焱”也不幸牺牲。

而另一边，前往6省救援的天王级训练家中的三人，也遭遇了3只野生的冠军级宝可梦—班吉拉斯、暴飞龙、暴鲤龙的攻击，一只冠军级加上数十只天王级宝可梦的围攻，最终有2位天王级训练家和“焱”的2只冠军级宝可梦不幸殒命。

经此一役后，原本的华国32省，只剩下东部地区的18省，而联盟的顶端战力只剩下4位天王级训练家和“焱”的4只冠军级宝可梦。

而在不久后，米国和毛国乃至全世界的野生宝可梦也先后发生暴动。

虽然战火最后被平息，但各国的高端战力都不同程度的受损。在相当长的一段时间，全世界只有米国拥有一位冠军级训练家-“阿瑞斯”（代号），米国也借此机会奠定了世界霸主的地位。

此后，全球各国充分意识到了宝可梦带来的严重威胁，但人类和科技的力量始终有局限，只有宝可梦才能战胜宝可梦。

在近百年的时间，世界人民开始团结起来，潜心发展精灵科技，不断挖掘宝可梦的潜能。

而原本的实力等级也重新划分，衍生出大师级、掌门级两个全新等级。

百年间，各国不断涌现出新的人才，而最耀眼的，还要属华国。

当时，一位远超冠军级实力的神秘训练家横空出世，在他的带领下，华国先后发明了远距离精灵传送装置、超高效的精灵治愈装置、多功能精灵球……并主动向全世界公开了关于钥石和超进化石的重大发现。

基于此，宝可梦训练家的战斗力直线攀升，并摸索出精灵的一种全新进化形态—MEGA进化。

此后，人类长期弱势的局面开始反转，与已经拥有数十只冠军级宝可梦的野生宝可梦群体分庭抗礼，甚至隐隐有反攻的趋势。

可有人类的地方就有纷争，野生宝可梦的危机告一段落，各国又起了小心思，为了争夺稀有宝可梦和精灵资源，彼此间摩擦不断。

在各国忽视的角落，一个新的国际恐怖组织—圣廷，悄悄诞生。