在统治热那亚时期，多里亚以贵族的视角对宪法进行了改革，消除了困扰共和国数世纪的派系，建立了一个由城市主要贵族家庭组成的新寡头政府，形成了28个“阿尔贝尔吉”（Alberghi）或“家族”。

这些新兴统治阶级的28个阿尔贝尔吉包括了西波家族（Cybo）、多里亚家族（Doria）、菲斯基家族（Fieschi）、朱斯提尼亚尼家族（Giustiniani）、格里马尔迪家族（Grimaldi）、因佩里亚尔家族（Imperiale）、帕拉维奇诺家族（Pallavicino）和斯皮诺拉家族（Spinola）等。

他拒绝了担任热那亚领主甚至公爵的提议，但接受了“永久审查官”的职位，直到去世都在共和国的理事会中发挥着重要影响。

在这个背景下，“审查官”的称号源于古罗马的意义，即一位备受尊敬的高级公职人员，而非现代意义上与审查相关的含义。

他获得了两座宫殿、许多特权，以及“解放者与祖国之父”（Liberator et Pater Patriae）的称号。

他定居在位于法索洛（Fassolo）的一座新修复的别墅内，该别墅是文艺复兴时期的杰作，名为“王子别墅”（Villa del Principe），位于现已拆除的圣托马索门（Porta di San Tomaso）外，直到去世一直居住在那里。

为了保护恢复后的共和国免受未来外敌的攻击，安德烈亚·多里亚赞助了新城墙的建设。

这座城墙于16世纪30年代建成，由军事工程师乔万尼·玛丽亚·奥尔贾提（Giovanni Maria Olgiati）设计。

新城墙实际上沿袭了14世纪旧墙的路径，但将旧有的方形塔楼和墙体替换为新的幕墙和三角形堡垒。

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多里亚再次开始专注对付奥斯曼帝国和巴巴里海盗。

1529年，西班牙舰长罗德里戈·德·波图多（Rodrigo de Portundo）被海雷丁·巴巴罗萨的副手艾丁（Aydin）和萨利赫（Salih）击败。

多里亚雇佣了法国雇佣军，发动了对巴巴罗萨保护下的谢尔谢尔（Cherchell）的攻击，洗劫了该港口并解放了许多基督教囚犯，由于雇佣军纪律涣散，当他的舰队在土耳其人到来之前不得不启航时，他最终抛弃了他们，任其自生自灭。

1532年9月，针对四月土耳其入侵匈牙利的情况，多里亚带领一支由西班牙和热那亚组成的舰队，出动48艘战舰和35艘其他船只，攻击了爱琴海的奥斯曼阵地。

他抵达达达尼尔海峡和伯罗奔尼撒半岛，夺取了科罗内（Corone）和帕特雷（Patras）。