1556年8月，查理五世退位，将神圣罗马帝国皇帝的职位让给了他的兄弟费迪南德。

根据1521年的协议和1531年的选举，费迪南德成为了神圣罗马帝国皇帝（Holy Roman Emperor）和奥地利（Austria）的大公（Archduke of Austria）。

由于漫长的辩论和繁琐的官僚程序，帝国议会（Imperial Diet）直到1558年5月3日才接受了这次帝国继位。

教皇（Pope）拒绝承认费迪南德为皇帝，直到1559年法兰西与哈布斯堡达成和平。

费迪南德在位期间，特伦特会议（Council of Trent）结束。

为了确保他的儿子马克西米利安二世（Maximilian II）的继位，费迪南德在1562年组织了一次帝国选举。

特伦特会议的一些问题在费迪南德皇帝与教皇特使莫罗内（Morone）之间达成的妥协后得以解决。

在帝国费迪南德的重要发明之一是霍夫战争委员会（Hofkriegsrat，Aulic War Council），该委员会于1556年正式成立，负责协调所有哈布斯堡领土内外的军事事务。

它与帝国法院（Reichshofkanzlei）以及霍夫财政局（Hofkammer）一起，构成了维也纳（Vienna）哈布斯堡政府的核心机构。

帝国法院复活，专门处理与帝国特权相关的事务。

1556年，颁布了一项法令，确保帝国事务和王朝事务由同一机构中的两个官员小组分别管理。

在他统治期间，这些机构中的贵族权力受到了限制。

对于每个领地组，设立了专门的管理和财政办公室。

与马克西米利安一世和查理五世不同，费迪南德一世并不是一个游牧式的统治者。

1533年，他将居所搬到了维也纳，并在那里度过了大部分时间。

经历了1529年的土耳其围城战后，费迪南德致力于将维也纳打造成一座坚不可摧的堡垒。

在1558年继位后，维也纳成为了帝国的首都。

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自1542年以来，查理五世和费迪南德能够征收“公用便士”（Common Penny）税或“土耳其援助”（Türkenhilfe），旨在保护帝国免受奥斯曼帝国或法国的威胁。