然而，由于匈牙利并非神圣罗马帝国的一部分，因此针对匈牙利的帝国援助取决于政治因素。

该义务仅在维也纳或帝国受到威胁时生效。

费迪南德统治下的匈牙利西部地区被称为“皇家匈牙利”（Royal Hungary）。

作为奥地利（Austria）、波希米亚（Bohemia）和皇家匈牙利的统治者，费迪南德采取了中央集权政策，与当时其他君主共同建设绝对君主制。

1527年，在即位不久后，他为自己的世袭领地发布了一部宪法（Hofstaatsordnung），并在普雷斯堡（Pressburg）为匈牙利建立了奥地利式的机构，在布拉格（Prague）为波希米亚设立了机构，在布雷斯劳（Breslau）为西里西亚（Silesia）设立了机构。

费迪南德能够为他的领地引入更统一的政府，同时加强对波希米亚财政的控制，波希米亚为他提供了一半的收入。

然而，这些政府基本上仍然相互独立。

奥地利人可以在波希米亚的行政机构中发展事业，但通常需要归化，除了一些皇家保护者，如弗洛里安·格里斯贝克（Florian Griespeck），而波希米亚人晋升到奥地利政府几乎是不可能的（与未来形成鲜明对比）。

作为一位选举产生的国王，他逐渐推动君主制走向世袭制，最终在费迪南德二世成为神圣罗马帝国皇帝时实现。

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1547年，波希米亚贵族因费迪南德下令波希米亚军队对德意志新教徒采取行动而反叛。

在镇压叛乱后，他通过限制波希米亚城市的特权并插入一批新的皇家官员以控制城市当局进行报复。

费迪南德是反宗教改革的支持者，并帮助领导天主教对他所视为新教主义异端浪潮的回应。

例如，在1551年，他邀请耶稣会士前往维也纳（Vienna），并在1556年邀请他们前往布拉格（Prague）。

最终，在1561年，费迪南德恢复了此前因新教徒成功而被解散的布拉格大主教区（Archdiocese of Prague）。

在奥斯曼帝国入侵匈牙利后，传统的匈牙利加冕城市塞凯什费赫尔瓦尔（Székesfehérvár）被奥斯曼帝国占领。

因此，在1536年，匈牙利饮食（Diet）决定在普雷斯堡（Pressburg）设立新的国王加冕地点及饮食会议地点。